在肯定上海公司注冊行為屬于行政行為的前提下，就該行為到底是何種行政行為，學界主要存在兩種不同觀點，一是行政許可說，一是行政確認說。行政許可說認為注冊上海公司是一種行政許可行為，是上海公司注冊機關賦予公司企業法人主體資格和一般營業能力的設權性具體行政行為。行政許可說是目前我國學界的主流觀點。行政確認說認為上海代理注冊公司是一種行政確認行為，是登記機對公司法人主體資格和一般營業能力進行確定、認可、證明并以宣告的確權性具體行政行為。
首先應當肯定的是行政許可行為與行政確認行為具有相同性，表現在兩者都屬于行政行為中的依申請的行政行為。所謂依請的行政行為，是指行政機關根據相對人喲申請才能作出的行為必須基于相對人的申請，行政機關才作出，行政機關不能主動作出行政行為。相對人的申請是行政關作出行政行為的必要前提條件行政許可和行政確認都是必須基于相對人的申請行政機關才能作出的行政行為。但是，行差異。行政許可是指根政主體依法賦予其從事法律一般禁止事項的權利和資格的行政行為。
換言之，行政許可就是根據相對的申請，許可其從事某些否則就是受到限制或者禁止的事情。政確認則是指行政主體應相對人的申請，依法確認其法律主體效力等。我國臺灣學者將行平政確認行為亦稱為補充行政行為，認為該行為是予他人之法律行為以同意，進為之行政處分。非經認可，法律行為不能有效成立。要區別是：
第一，行政許可是以律對許可事項的一般禁止為前提，許可為禁止的解除，權利的恢復；行政確認是以法律對確認事項的一般允許為前提，確認是權利的認可。
第二，真有廣泛的自由裁量性，行政主本對于相對人的申請，可基于社會公共利益等理由，依自由裁量予以許可或不許可；而行政確認則具有嚴格的羈束性，行政主對于相對人的申請，只要符合法定條件和法定程序，必須予以認可和確認，不得拒絕，無自由裁量余地。
結合上海公司注冊的具體情況看，上海公司注冊機關必須根據當事人的申請才能進行審核，并決定是否登記注冊。因此，上海公司注冊應屬于依申請的行政行為。上海公司注冊機關對于當事人的申請，只要符合法定條件和程序，就必須予以登記注冊，沒有自由裁量權；而且，根據公司自治原則，當事人有設立公司、變更公司及終止公司的自由權利。
因此，當事人申請上海公司注冊，不是屬于法律普禁止或限制的事項，年的事項，登記機關經審核予以登記注冊是依法對當事人的應有權利的認可和確認。總之，上海公司注冊符合依申請行政行為中的行政確認行為的特性。基于此，不贊成行政許可說，而贊成行政確認說。質言之，注冊上海公司行為屬于應申請的確權性（而非設權性）的行政確認行為。
上海公司注冊認識公畝己行為的確權性行政確認行為性質具有重一方面，它肯定了上海公司注冊的公權性，從而保障上海公司注冊的權威性和統一性；另一方面，它又有利于對登記機關的權力進行制，對當事人的公司自治權利進行保護，并有利于同時實現上海公司注冊的安全和效率的價值取向。
